Учредителем Центра является Российская Федерация. Функции и полномочия учредителя Центра от имени Российской Федерации осуществляет Министерство спорта Российской Федерации. Непосредственное управление деятельностью Центра осуществляет генеральный директор. 

Для рассмотрения основных научных, научно-организационных, образовательных и кадровых вопросов Центра действует коллегиальный орган управления – Ученый совет. Для оперативного решения вопросов между заседаниями Ученого совета функционирует Президиум Ученого совета.

В структуру Центра входят научно-исследовательские, научно-методические, научно-технические структурные подразделения, структурные подразделения, реализующие основные и дополнительные профессиональные образовательные программы, и вспомогательные структурные подразделения.